Desde o início da Espeleologia que o homem tem vindo a deparar com criaturas que vivem nos lugares mais interiores das grutas, apesar das condições adversas do meio. Esta Fauna desde sempre suscitou a curiosidade científica, pois questionou-se de imediato sobre as formas de sobrevivência destes seres num ambiente tão inóspito, onde a luz é escassa ou mesmo inexistente e o alimento pouco abundante. Foi para responder a estas questões que surgiu uma nova ciência a que se deu o nome de BIOESPELEOLOGIA.
Esta disciplina tem como objectivo o estudo destes seres e os seus meios de subsistência, revelando cada vez mais um mundo fascinante, completamente diferente daquele a que estamos habituados e onde se podem encontrar "seres estranhos" desprovidos de olhos e de cores ou, ainda, membros invulgarmente alongados.
Flora cavernícola
A Flora existente no interior de uma caverna relaciona-se, principalmente, com a quantidade de luz existente, distribuindo-se assim pelas três principais zonas da gruta.
A Zona de Claridade, existente à entrada da gruta, onde penetra grande quantidade de luz, permite o desenvolvimento de plantas clorofilinas as quais necessitam da luz solar para realizarem as suas funções vitais. Os vegetais mais frequentes nesta zona são as Heras, Hepáticas, Musgo, Fungos, Algas e líquenes, que necessitam de pequenas quantidades de terreno para se fixarem e de muita humidade. Em grutas com grandes aberturas e entrada de luz muito abundante, podem até desenvolver-se vegetais do tipo arbustivo, embora nenhum destes grupos botânicos necessite da gruta para viver, encontrando-se lá apenas por mera casualidade.
A Zona de Penumbra, já mais no interior das cavidades, onde a luz escasseia, não permite a existência de vegetais clorofilinos, à excepção de algumas algas verdes que conseguem subsistir com quantidades de luz muito reduzidas. É também natural encontrar plantas clorofilinas, cujas sementes entram no interior da gruta por acidente, levadas por correntes de ar ou transportadas na pele ou patas de animais, as quais germinam e dão origem a plantas frágeis e doentias, mostrando sinais típicos de fototropismo (inclinação em direcção à luz), tendo em geral pouco tempo de vida. Nesta zona desenvolvem-se ainda alguns fungos, emboram não tenham grande capacidade de proliferação, devido à falta de matéria orgânica no substrato ou à acidez das argilas.
A Zona Escura, onde a luz está completamente ausente, permite apenas a existência de uma rica flora bacteriana e alguns raros fungos que se fixam no guano e sobre o corpo de organismos, em especial insetos. A flora bacteriana tem um papel preponderante na decomposição do guano e na alimentação de alguns outros organismos, tais como ácaros, colembolos, etc. Quanto aos vegetais, tal como na zona de penumbra, existe a possibilidade de germinação de sementes e esporos, os quais estão condenados a uma morte quase imediata devido à extrema adversidade do meio. Podemos, pois, considerar como inexistentes as formas de vida botânicas que estejam intimamente relacionadas com a gruta.
Fauna cavernícola
A Fauna dentro de uma gruta, divide-se também em três grupos:
Os animais que se encontram, em geral, próximo da entrada da gruta e que não dependem desta, sob forma alguma, encontrando-se nestes locais apenas por casualidade ou acidente. Os mais frequentes são os Anfíbios (salamandra, tritão e sapo), os pequenos mamíferos (ratos) e os Artrópodes (aranhas, moscas, borboletas nocturnas, centopeias, etc.). Estes animais não influem na gruta em si nem dependem dela sob nenhum aspecto.
Os animais que têm uma preferência natural pela gruta, necessitando desta para realizar algumas das suas funções vitais, tais como a reprodução, hibernação, abrigo, etc.. De entre estes, o exemplo mais típico é o morcego que necessita da gruta e também influi nesta de forma radical, devido à função de portador de nutrientes, dos quais depende toda uma comunidade de seres vivos e cadeias tróficas. Esses nutrientes são o alimento que o morcego durante a noite recolhe, fora da gruta, sob a forma de insetos voadores e que posteriormente libertado, já digerido e transformado em excrementos, a que se dá o nome de guano, vai servir de alimento a animais que dele diretamente dependem, formando outro grupo cavernícola. Este grupo abrange a flora bacteriana e os Ácaros, Colembolos e Dípteros, sem esquecer os predadores do tipo dos miriápodes (centopeias), pseudo-escorpiões e outros.
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